ولد في مدينة القدس، وتنحدر أسرته من قرية دير غسانة في فلسطين، حاصل على شهادة دكتور في الطب، وعلى شهادة عليا في الفلسفة من موسكو، وعلى شهادة الماجستير في الإدارة وبناء الأنظمة الإدارية من جامعة ستانفورد في الولايات المتحدة.
أسس في العام 1979 مع زملائه أول حركة تطوعية مقاومة في المجال الصحي هي الإغاثة الطبية الفلسطينية بهدف بناء نظام صحي فلسطيني مستقل، كبديل لسلطة الاحتلال والإدارة المدنية وتعتبر الإغاثة الطبية التي أصبح رئيسها واحدة من أهم مؤسسات المجتمع المدني التطوعية، وتعمل حالياً في (495) قرية ومدينة ومخيم، وتقدم خدماتها الصحية والاجتماعية لمليون وثلاثمائة ألف مواطن سنوياً.
وقد قاد البرغوثي نشاط الإغاثة الطبية في تدريب المسعفين وتقديم العلاج وإسعاف الجرحى والمصابين، وتوفير الإمدادات الطبية، والغذائية والماء خلال الاجتياحات ومنع التجول، وقد بلغ عدد المستفيدين من هذه الخدمات منذ العام 2002 حتى تشرين الثاني 2004، ستمائة وتسعون ألف شخص(690.000).
أُصيب برصاص الاحتلال عام 1996 خلال هبّة الأقصى، حين أطلق عليه قناص صهيوني رصاصتين أثناء إسعافه للجرحى مما سبب له جروحاً في الكتف والظهر، تعرض للاعتقال من قبل سلطات الاحتلال، وكسر جنود الاحتلال ركبته خلال عملية اعتقاله في كانون الثاني عام 2002 و أصدروا أمراً بمنعه من دخول مدينة القدس من ذلك الحين.
أسس مع د. حيدر عبد الشافي وإبراهيم الدقاق والراحل د. إدورد سعيد وخمسمائة شخصية قيادية فلسطينية حركة المبادرة الوطنية الفلسطينية في العام 2002 التي يتولى حالياً مهمة أمينها العام، وهي حركة سياسية اجتماعية تؤمن بأن الوحدة الوطنية هي صمام الأمان الحامي لنضال الشعب الفلسطيني ولحقوقه المشروعة في الحل العادل.
قام بدور قيادي في تنظيم حملة مقاومة جدار الفصل العنصري، وحملات خرق منع التجول والحصار المفروض على الشعب الفلسطيني، ساهم خلال انتفاضة الأقصى والاستقلال في إعادة بناء حركة التضامن الدولية مع الشعب الفلسطيني وفي اللقاء بعشرات من قادة دول العالم والمؤسسات الدولية للدعوة لنصرة القضية الفلسطينية، ولتطوير الحملة الشعبية الدولية لحماية الشعب الفلسطيني التي وفّرت الدروع البشرية لحماية التجمعات الفلسطينية في المناطق الأكثر خطورة وقامت بدور بارز في حماية الرئيس الراحل أبو عمار أثناء اجتياح الضفة الغربية في العام 2002.
أسس البرغوثي وتولى إدارة معهد الإعلام والسياسات الصحية والتنموية منذ عام ،1989 وقد أنجز المعهد عشرات الأبحاث والدراسات المتعلقة بتطوير سياسات سليمة وإرساء قواعد دولة فلسطينية قوية، وقد فضح المعهد ممارسات الاحتلال؛ مما أدّى إلى اجتياحه وتدميره بالكامل من قبل جيش الاحتلال في العام ،2002 ومع ذلك ، نجح البرغوثي في إعادة بنائه خلال فترة قصيرة.
أسس في العام 1992 برنامج لتشغيل المبعدين الفلسطينيين من الكويت والخليج لاستيعاب العاطلين عن العمل في المؤسسات الفلسطينية، شارك في تأسيس اللجنة الوطنية لتأهيل المعاقين، كما شارك في اللجنة القيادية لمفاوضات مدريد للسلام بقيادة الدكتور حيدر عبد الشافي، وكان عضواً في اللجنة التوجيهية للمفاوضات متعددة الأطراف إلى أن استقال من عضوية الوفد في نيسان 1993 بسبب معارضته لنهج المفاوضات الذي أدى إلى اتفاق أوسلو واستمرار الاستيطان في الأراضي المحتلة، وشارك في انتخابات المجلس التشريعي عام 1996، وانتخب عن دائرة رام الله ولكنه تنازل عن مقعده للمرشح المسيحي عملا بنظام الكوتا.
نشر العديد من الكتب والأبحاث والمقالات في عدد كبير من الصحف والدوريات العربية والعالمية وحاضر في أكثر من خمسين جامعة عربية وأوروبية وأمريكية، كما ساهم في نشر أربعة كتب حول القضية الفلسطينية، وحاز على عدد من جوائز وشهادات التقدير العالمية منها جائزة منظمة الصحة العالمية للعام 2002، وجائزة الدفاع عن حقوق الإنسان الفلسطيني من منظمة الكفاح ضد التميز العنصري.